1 ... 30 31 32 33 34 35 36 37 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 34

səhifə34/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

Molecules on symmetry elements are completed with symmetry related parts. This process 
may lead to large clusters of ARU's in the case of polymeric structures. Clicking on the 
menu Option 

Join-Expand

 (Changing from RED to White) will minimize the number of 
ARU's generated in the connectivity search for polymeric structures. Note: Atoms unwanted 
in a subsequent ORTEP plot can be removed with the 

DeleteAtoms

 button on the ORTEP 
menu. 
 

1.4.10.4 - ORGANIC/INORGANIC Toggle


Different default Radii sets are used for Organic and Inorganic structures respectively. This 
option is in particular useful for coordination complexes. No ring search is done by default 
for inorganic structures. The default setting is triggered by the presence or absence of an 
organic carbon atom (i.e. C & H present). Example: The default for NaCl will be 

inorganic 


whereas organometallic compounds are treated as 

organic

. This will avoid the generation of 
infinite structures as part of the connectivity search. 

1.4.10.5 - ROUND


By default, coordinates and derived data (bonds, angles etc.) are rounded following the 
established 1-19 rule (This is the Acta Crystallographica standard and requirement).
This default can be changed by clicking in one of the alternative boxes 
- leftmost box - no rounding i.e. ROUND OFF 
- second box - round following the 1-9 rule 
- third box - round following the 1-19 rule [default].
rightmost box - round following 1-29 rule

1.4.10.6 - Parentheses Toggle


By default, the numerical part of the label is enclosed in parentheses in listing files but not 
in ORTEP and PLUTON plots. The latter is controlled in the respective sub-menus.

1.4.10.7 - Label-Alias Toggle


PLATON sets some restrictions on atom labels. Reasons are partially historical (to save 
memory space) but also the fact that a label is interpreted in terms of atom type and 
symmetry extension and the need for condensed geometry listings. When a label is given in 
a CIF that conflicts with those rules, an alias (terminated with a #) is generated. By default, 
the original labels are presented on output and graphics where ever possible. With this 
toggle ON (RED), the aliases used in PLATON are given. 

1.4.10.8 - 


R/S-Determination


R/S-Determination is enforced when active (RED). Otherwise it is at the program to decide. The 
current algorithm for the R/S determination works well with most structures. However, there can be 
problems with chiral atoms that are part of complex interconnected ring systems. Also there may be 
problems when (rare) cis/trans special rules should have been applied.

1.4.10.9 - 


NORM H-BOND Toggle


X-H (X = B, SI, C, O, N) distances are normalized to standard values when the toggle is 
ON. Default target values (That can be changed with prior 'SET PAR' instructions are: 
- B-H, PAR(294) = 1.19 
- SI-H, PAR(295) = 1.50 
- C-H, PAR(296) = 1.083 
- N-H, PAR(297) = 1.009 
- O-H, PAR(298) = 0.983 

1.4.10.10 - NOSYMM Toggle


When this option is active (i.e. shown RED), no symmetry expansion is done as part of the 
connectivity set-up. This toggle has effect only when activated before any explicit or 
implied CALC INTRA instruction is executed. No symmetry expansion can be useful when 
the application of symmetry relations results into undesired infinite networks in the 
subsequent analysis (useful for atom renaming etc.). Similarly, undesired infinite chain 
expansion is avoided in the ORTEP display. 
 

1.4.10.11 - 

NoDisorder Toggle 


Toggle for the (NOT) DISPLAY of major/minor disorder (e.g. in ORTEP). Clicking in the 
left box invokes the major disorder form and clicking in the right box invokes the minor 
disorder form. Clicking again in the same box give the complete structure back.

1.4.10.12 - LIST ARU/RCELL


Clicking in in the left box lists the  asymmetric residue codes (ARU) on the display. This is 
generally meaningful only after some CALC instructions since the default ARU 1555 is not 
shown. Clicking in the right box will list reciprocal cell dimensions in the message window 
at the bottom of the display.

1.4.10.13 - LIST CELL/SYMMETRY


Clicking in the left box lists the cell dimensions in the message window at the bottom of the 
display. Clicking in the right box will display the symmetry details of the current space 
group (equivalent with the keyboard instruction 

LIST SYMM

) on the Graphics Window for 
inspection. 

1.4.10.14 - LIST ATOMS


Clicking on LIST ATOMS (equivalent to the keyboard instruction 

LIST ATOMS

) displays the 
current coordinate data along with info about population parameters and whether the atom has been 
moved on the Graphics Window for inspection. 

1.4.10.15 - LIST BONDS


Clicking on LIST  BONDS (equivalent to the keyboard instruction 

LIST BONDS

) will 
display the current connectivity table on the terminal Window.

1.4.10.16 - LIST FLAGS & RADII


Clicking in the left box is equivalent to the keyboard instruction 

LIST FLAGS 

 will list the 
values of various flags associated with atoms

 

. Clicking in the right box is equivalent to the 
keyboard instruction 

LIST RADII

 (Covalent & van der Waals) on the graphics window for 
inspection. The default van der Waals radii may be customized with the SET VDWR 
instruction. E.g. 

SET VDWR Cu .73 O 1.38


1.4.10.17 - EXCLUDE H Toggle


This will EXCLUDE all H-atoms from the analysis. (to be issued before any other 
instruction or after a RESET). This feature may be useful in combination with a CSD search 
in case that the H atoms are dubious.
 

1.4.10.18 - MinPeakHgt


The click position determines the minimum peak hight of Q-peaks for inclusion. Choices are: 0.2, 
0.4, 0.6, 0.8, 1.0 e/Angstrom^3. The default is 0.4 e/Angstrom^3. The current value is displayed in 
the message window at the bottom of the display. This option is meaningful for molecular display 
only. Note: A global parameter value is set that is not returned to its default value with a RESET 
instruction.

1.4.10.19 - MinPeaksDis


The click position determines, as an inclusion criterium, the minimum distance of a Q-peak 
to the other atoms. Choices are: 0.0, 0.25, 0.50, 0.75, 1.0 Angstrom. The default value is 0.5 
Angstrom. The current value is displayed in the message window at the bottom of the 
display. This option is meaningful for molecular display only. Note: A global parameter 
value is set that is not returned to its default value with a RESET instruction.
 

1.4.10.20 – Q-Peak-Incl Toggle


Option to include residual density 'Q-Peaks' from the SHELXL '.

res

' file that are stored 
beyond the HKLF line. The left box is an on/off toggle. Alternatively, clicking in the right 
box sets the option on (RED). This option is meaningful for molecular display only.
 

1.4.10.21 - KeyInstructionList Toggle


This button will give an on-screen listing of the available keyboard instructions. Clicking on 
END will bring the PLATON main menu back.

1.4.10.22 - PREV/NEXT Toggle


Toggle to return to the previous entry or proceed to the next entry on a multi-entry CIF or 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---207.html

the-schools-white-paper---211.html

the-schools-white-paper---216.html

the-schools-white-paper---24.html

the-schools-white-paper---29.html