1 ... 24 25 26 27 28 29 30 31 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 28

səhifə28/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

- NONE 
See also the keyboard COLOR TYPE instruction (Section 3.59) 

1.4.4.4 – SOLID STYLE


This plot style is similar to the original pluto solid-style. Atom plot radii are assigned as a 
fraction of their associated covalent radius. The fraction of the covalent radius used for 
plotting is a function of the click position in the menu box and ranges from 0.5 to 0.1 in 0.1 
steps. 

 


1.4.4.5 - ROD STYLE


Default settings of the ROD style give thicker than usual bonds. The ROD-style brings out 
the three-dimensional character of molecules more clearly. 

1.4.4.6 - CPK STYLE


CPK style plot with van der Waals radii assigned to atoms. Depending on the click position 
in the menu box: 
- Left - CPK Plot 
- Right - CPK + Stick Plot 

1.4.4.7 - STRAW STYLE


STRAW style plot with small atom radii assigned to atoms. The Bond-Taper feature is not 
used in this mode. 

1.4.4.8 - STICK STYLE


This option provides a fast 'bonds-only' plotting style.

1.4.4.9 - BLACK-AND-WHITE COLOR


Black-and-White Color in PLUTON


Three distinguishing options for plot-items using black-and-white colors are available: 
1. BWC global 
2. BWC atom-types 
3. BWC residues 
4. BWC ARU's 
The associated patterns may be combined with the 'COLOR' options. 
Current BWC & COLOR setting may be inspected with the 

ListTypes

 and 

ListARU 


instructions from the PLUTON/GeomTy sub-menu or the keyboard instructions 

LIST 


TYPES

 and 

LIST BONDS


1 - BWC Global



Global pattern setting can be achieved either via the manu item from the PLUTON/Style 
menu or as a sub-keyword on the style instruction. 
Example: 

SOLID GLOBE

 

2 - BWC Atom-Types


When active, atoms are displayed with an atom-type dependent pattern. 
The default patterns can be customized with the 

BWC TYPE

 instruction or the 

SelPattern 


function on the PLUTON/Style menu. 

3 - BWC Residue Types


Selection of the menu option 

res

 will assign a distinguishing pattern to each residue type 
(i.e. isolated species in the structure). 
The default setting may be changed with an ARU instruction: 
Example (resd #2): 

ARU DOTS 2

 

4 - BWC ARU-Types


Selection of the menu option 

ARU

 will assign a distinguishing pattern to each ARU. 
Default settings may be changed with an ARU instruction: 
Example: 

ARU GLOBE 2556.01

 

1.4.4.10 - GLOBAL B&W PATTERN Setting


The global atom pattern can be set to one of the following choices: 
1.
 Void 
2.
 Contour 
3.
 Net 
4.
 Shade 
5.
 Segment 
6.
 Dots 
7.
 Black 
8.
 Cross 
9.
 Globe 
10. Parallel 
11. Meridian 
12. Horizontal 
13. Vertical 
14. Mesh 
15. Diagonal 
16. Slant 
17. Textile  

1.4.4.11 - RADII BONDS TAPER


Clicking in one of the boxes sets the bond taper parameter. 
Settings are: 0, 1/8, 1/4, 1/2, 1, 2  

1.4.4.12 - OVERLAP MARGIN


Clicking in one of the three boxes determines the overlap margin applied for overlapping 
items (bonds, atoms). The Preset values are: 0, 0.05, 0.10. See also the keyboard instruction: 

OVERLAP (MARGIN mrg[0.10]) (SHADOW shad[0.10])(ON/OFF)/BA/BB[ON]


1.4.4.13 - PLOT RESOLUTION


The click position determines the resolution (i.e. parameters) at which the drawing is 
calculated. The highest resolution (right) requires more computing time than the lowest 
resolution (left). See also keyboard instruction (

3.5.67) -SEGMENT (plotstep (substep)


)


 

1.4.4.14 - LABEL ARU


Label ARU Toggle

1.4.4.15 - LABEL CELL


Label Unit Cell Toggle

1.4.4.16 - LABEL ATOM


Label atoms toggle

1.4.4.17 - LABEL (H)ATOMS TOGGLE


Global atom labeling toggle. 
Clicking on the right box will also include H-atoms in the 
labeling. 

1.4.4.18 - DefineCgEnd


With this option, a centre-of-gravity is introduced in the plot determined by the clicked 
atoms. This pseudo atom can subsequently be used as a reference for the definition of bonds 
and the calculation of bonds, angles etc. 
Procedure: 
1. Click on the 'Define' menu box. 
2. Click on the atoms determining the centre of gravity. 
3. Click on the 'End' field to terminate the sequence. 
Alternatively issue the keyboard instruction: 

DEFINE CG at1 at2 at3 at4 at5

 

1.4.4.19 - STEPWISE ROTATION ABOUT Z


Stepwise rotation about Z (perpendicular to image). Stepsize and direction based on click 
position. 

1.4.4.20 - STEPWISE ROTATION ABOUT Y


Stepwise rotation about the horizonatal axes (Y). Clicking in the central area gives small 

rotation steps.Clicking further from the center corresponds with larger rotation steps. 
Clicking left from the center or right from the center determines the sense of rotation. 

1.4.4.21 - STEPWISE ROTATION ABOUT X


Stepwise rotation about the horizonatal axes (X). Clicking in the central area gives small 
rotation steps.Clicking further from the center corresponds with larger rotation steps.
Clicking left from the center or right from the center determines the sense of rotation. 

1.4.4.22 - COLOR OPTIONS


The assignment of color to plot-items can be done at four levels. 
1 - Global Color 
2 - Per Atom-type 
3 - Per Residue-type 
4 - Per ARU 

Option 1:


Instruction: 
COLOR BLACK/RED/GREEN/BLUE/YELLOW/ORANGE/VIOLET/BROWN 

Option 2:


Color assignment is done by default on the basis of element-type 
The default setting may be changed with: 
COLOR TYPE atom-type col (atom-type col ..) 
Color is switched on/off with 
COLOR (on/off) 
or implicitly with 
STRAW COLOR 
This option may be combined with the 'Black-and-White' Patterns: 
BWC (on/off) 

Option 3:


Residues (i.e. unconnected species) can be displayed with differing colors with: 
COLOR RESD 

Option 4:


ARU's may be given distinguishing colors with instructions such as 
ARU red 1555.01 1556.01

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---185.html

the-schools-white-paper---19.html

the-schools-white-paper---194.html

the-schools-white-paper---199.html

the-schools-white-paper---202.html