1 ... 19 20 21 22 23 24 25 26 ... 74

The platon crystallographic package - səhifə 23

səhifə23/74
tarix04.12.2017
ölçüsü5.01 Kb.

The specification of the space group is optional. 
The example run  would produce a new file 

compound.hkp


and a short terminal output when run as 

platon compound.ins

 : 
:: TITL  N1848A                                                               
:: CELL    22.1829    9.1517   10.6597    90.000   105.758    90.000    2082.7
:: SPGR P21/n       
Direct Cell axes and HKL Transformation Matrix
    1.0000    0.0000    1.0000
    0.0000    1.0000    0.0000
   -1.0000    0.0000    0.0000
Coordinate Transformation Matrix
    0.0000    0.0000    1.0000
    0.0000    1.0000    0.0000
   -1.0000    0.0000    1.0000
Transformation Matrix for SHELX Direction Cosines
    0.0000    0.0000    1.0000
    0.0000    1.0000    0.0000
   -0.9848    0.0000    0.4805
:: HKLTRANS hkl on :compound.hkp

1.3.7.7 – EXOR-RES – Work-up of a Raw Structure Solution Peak List


A raw structure (e.g. coming from the structure solution program SHELXS as a 

RES

 file) 
containing both real and false peaks is cleaned up by removing false peaks and adding 
missing peaks in a cycle of population refinements and analyses of difference density 
Fourier maps. The EXOR tool was designed as part of the SYSTEM-S tool (see 

Chapter 10


) but may also be called/used directly. The input data to be supplied are a 

.ins

 (i.e. a renamed 

.res

) file along with an associate 

.hkl

 file containing the reflection data. The alternative 
terminal window command is 

platon -E name.ins

.

1.3.7.8 -ANIS-RES – Interactive Change from Isotropic into Anisotropic


This is an interactive tool for making isotropic atoms in a RES file anisotropic. An updated 
RES file (with the extension 

.new

) for refinement with SHELXL is generated. The desired 
change from isotropic to anisotropic is indicated by clicking on the associated atom in a 
PLUTON drawing. Labels for anisotropic atoms are shown in RED. This function was 
designed as part of the  SYSTEM S tool for automated or guided structure solution and 
refinement.

1.3.7.9 – Rename-res – Interactive Renaming of Atom labels in a RES File


Atom labels in a 

shelxl.res

 style structured files can be changed interactively in a RENAME 
loop using PLUTON tool for the interactive display and clicking on atoms to be renamed. 
Renaming can be looped for global renaming or by clicking on individual atoms. A 
keyboard RETURN/ENTER keeps the label as is. When a number is given in place of a 
substitute label name, this number is concatenated with the current atom type. Renamed 

atoms appear in green is the display. Temporary labels are generated when label conflicts 
would occur (i.e. Renaming C10 into C1 when C1 already exists will automatically rename 
C1 into a free label e.g. C999). The modified 

RES

 file in written out with the 

.new 


extension. Alternatively, renaming can be invoked via the '

-r

' switch e.g. 

platon -r 


sucrose.res

. See also the Auto-Renum function (

Section 1.3.7.10

). 

1.3.7.10 – Auto-Renum – Automatic Renumbering of the Atoms in a RES File


Clicking on this button provides automatic atom label renumbering of a SHELXL RES file 
(to be supplied with the 

.ins

 extension) based on the molecular network topology. The result 
is written in SHELXL 

.res

 format. Note: Only labels on atomic parameter records are 
changed.

1.3.7.11 – SPF-eld - 


Create an SPF Standard File from Input File Data


Clicking on 

SPF-eld

 will generate an 

SPF

 styled file. (This is the free format structural 
parameter file, native to PLUTON and PLATON).  Alternatively, an SPF-style file can be 
generated in the filter-mode. Example: generate a 

.eld

 file from  a 

.cif

platon -j sucrose.cif. 


.eld

 file is usually renamed to a file with extension 

.spf


1.3.7.12 – SHELXL-res – Create a RES Standard File from Input File Data


Clicking on 

SHELX-res

 will generate a 

shelxl.res

 formatted file, e.g. from a 

.cif

 or 

.spf

 file. 
The equivalent keyboard instruction is 

CALC SHELX NOSF

. Additional instructions will 
make this file suitable for a refinement run with SHELXL97, given the availability of a 

.hkl 


file (optionally to be generated from a 

.fcf

 file with the 

FCF2HKL

 tool (

Section 1.3.7.2

)) 
Alternatively, a shelxl-style 

.res

 file can be generated in the filter-mode: Example: generate 

.res

 from a 

.cif: platon -g sucrose.cif

 
The 

NOSF

 keyword suppresses the explicit generation of SFAC lines that include scattering 
data. 
A RES file supplied as 

name.ins

 will produce a 

name.res

 with atoms forming a connected 
set. 

1.3.7.13 – CIF-acc - 


Create a CIF Styled File from Input File Data


Generation of a  CIF File (Acta Cryst. C/E style) from the supplied input data file to be 
completed by manual editing  with additional data. This tool can be useful when a CIF 
structured file is needed where only an SPF or RES structured file is available. In the last 
case there are no standard uncertainties available. With a CIF as input, a new CIF is created 
with some additional data added such as the moiety formula. Symmetry operations are 
standardized. Bond distances, bond angles and torsion angles are recalculated based on the 
variances associated with the positional parameters. Also a hydrogen bond table is 
appended. 

1.3.7.14 – PDB-pdb – 


Create a PDB Styled File from Input File Data


Clicking on 

PDB-pdb

 on the PLATON main menu will generate a 

PDB

 styled file, based 
on the current parameter input file (e.g. a CIF file or a RES file). Some software requires 

PDB

 structured data as input. Records in this file have a fixed format. The coordinates are 

:

afs
afs -> Meningoensefalit, meningoensefalit
afs -> Nb deze bovenstaande tekst wel weghalen!
afs -> Allergen Checklist for Food Suppliers or Manufacturers


Dostları ilə paylaş:

©2018 Учебные документы
Рады что Вы стали частью нашего образовательного сообщества.
?


the-schools-white-paper---162.html

the-schools-white-paper---167.html

the-schools-white-paper---171.html

the-schools-white-paper---176.html

the-schools-white-paper---180.html